تضمنت الهياكل الإدارية والتنظيمية التابعة للوزارات الحكومية، وحدات إدارية تتبع الوزراء مباشرة، هي إدارة التدقيق الداخلي، وإدارة التخطيط والجودة.

وتكمن مهمة واختصاصات إدارة التدقيق الداخلي، في وضع مشروع خطة التدقيق السنوية على الوحدات الإدارية بالوزارة، وإعداد التقارير بنتائج أعمال التدقيق، ومراقبة مدى الالتزام بتنفيذ القوانين واللوائح والقرارات المتعلقة بأنشطة الوزارة، ومراقبة المستندات المالية من سندات قبض وسندات صرف وسندات قيد وغيرها بعد الصرف، ومراجعة التعليمات المالية، واقتراح ما يلزم لها من تعديلات، ومراقبة تنفيذها.

كما تتضمن مهام إدارة التدقيق الداخلي في الوزارات، على التأكد من سلامة الأموال والعهد والأثاث والأدوات والمباني والموجودات الأخرى التي تملكها الوزارة أو تخضع لإشرافها، والاشتراك في جرد محتويات المخازن والعهد الأخرى.

وعليه فإن هذه الإدارة يقع عليها عبء كبير ومسؤولية عظيمة في حماية المال العام، والدفاع عنه، وكشف أي انحراف يقع على المصروفات والأموال والنثريات والممتلكات الخاضعة لمسؤولية الوزارة.